เนื่องจากมหาวิทยาลัยตั้งอยู่นอกเขตตัวเมือง ทำให้นิสิตส่วนใหญ่ทั้งที่มีภูมิลำเนาในจังหวัดพิษณุโลก และนิสิตที่มาจากจังหวัดอื่น ๆ มีความจำเป็นในการพักอาศัยในหอพักบริเวณมหาวิทยาลัย ดังนั้นทางมหาวิทยาลัยจึงได้สร้างหอพักนิสิตภายในมหาวิทยาลัย โดยมีนโยบายให้นิสิตชั้นปี 1 ทุกคณะ พักอาศัยอยู่ภายในหอพักนิสิตของมหาวิทยาลัยเพื่อให้มีโอกาสได้ทำความรู้จักกับเพื่อนนิสิตคณะอื่น ๆ ซึ่งหอพักนิสิตมหาวิทยาลัยนเรศวรตั้งอยู่ด้านหลังมหาวิทยาลัยบริเวณข้างอ่างเก็บน้ำ สร้างเสร็จเมื่อปี พ.ศ. 2549 เป็นอาคาร 4 ชั้น มีทั้งสิ้น 15 อาคาร โดยมี "อาคารขวัญเมือง" เป็นอาคารบริการและอาคารอเนกประสงค์ของหอพักนิสิต การพักอาศัยในหอพักของมหาวิทยาลัยนั้นจะมีการเก็บค่าใช้จ่ายรายปี[45] และในส่วนของนิสิตคณะแพทยศาสตร์ ทางคณะมีหอพักให้สำหรับนิสิตแพทย์ชั้นปี 2 - 6 โดยเก็บค่าใช้จ่ายรายปี

สำหรับนิสิตชั้นปีอื่น ๆ สามารถเช่าหอพักเอกชนภายนอกมหาวิทยาลัยได้ ซึ่งมีอยู่โดยรอบมหาวิทยาลัย[46]